Em fevereiro de 1990, pelo Decreto 252, foi criada a Universidade do Tocantins; a Lei 326, de outubro de 1991, estruturou a Instituição de Ensino Superior em forma de autarquia; a Lei 872, de novembro de 1996, determinou o processo de extinção da autarquia, e, no mesmo ano, pela Lei 874, de novembro de 1996, foi autorizada a criação da então Fundação Universidade do Tocantins – Unitins.

A Fundação Universidade do Tocantins foi constituída como uma Fundação Pública de Direito Privado, mantida por entidades públicas e particulares, com apoio do Governo do Estado, tendo sede e foro em Palmas, Capital do Estado, e atuação em todo território nacional.

Em fevereiro de 2000, com a edição da Lei 1.127, a autarquia Universidade do Tocantins passou a denominar-se Unipalmas, sendo ela a sua sucessora.

Transcorridos quatro anos de instituição da Unitins e a com a criação da Fundação Universidade do Federal do Tocantins - UFT, novamente foi necessário alterar legalmente a estrutura da IES, e, assim, foi editada a Lei 1.160, de 21 de junho de 2000.

Após transferência de parte do patrimônio da Unitins à UFT, dos alunos e dos cursos regulares, houve, mais uma vez, a necessidade de adequar a IES à sua nova realidade acadêmica e física. Para tanto, foi baixado o Decreto 1672, em 27 de dezembro de 2002 e também a Lei 1.478, de junho de 2004, extinguindo a Unipalmas; que inclui nos objetivos da Unitins outras modalidades de cursos superiores, retira da sua estrutura os campi universitários e as escolas isoladas; incumbe a Unitins da Coordenação Estadual da Pesquisa Agropecuária; atribui à Unitins a responsabilidade de organizar e realizar, direta ou indiretamente, os concursos para provimento dos cargos do Poder Executivo; reestrutura as Pró-Reitorias; cria o cargo de Vice-Reitor e atribui ao Reitor a competência para nomeação dos Pró-Reitores ad referendum do Conselho Curador.

Como se pode ser observar, muitas alterações de ordem legal foram necessárias no decorrer destes anos, mas vale ressaltar que a Unitins sempre manteve autonomia didático-científica, o que confere a ela credibilidade e sustentabilidade para a promoção de Ensino, Pesquisa e Extensão.

De curso em curso, seja licenciatura ou bacharelado, uma bandeira de efetivação das vocações e peculiaridades regionais foi sendo levantada e alçada como grande meta da Unitins. Hoje, por meio de parcerias interinstitucionais com a EADCON, Fael e Univali, a Instituição oferece os cursos telepresenciais de graduação em Administração, Ciências Contábeis, Letras, Matemática, Normal Superior, Pedagogia, Serviço Social, Tecnologias em Análise e Desenvolvimento de Sistemas, em todos os estados da Federação e Distrito Federal, e Fundamentos e Práticas Judiciárias para o Estado do Tocantins. Também em âmbito estadual, a Unitins lançou os cursos superiores de tecnologia em Mineração e Agronegócios visando a formação profissional apta a atuar no mercado de trabalho.

Cursos de especialização possibilitaram que profissionais lograssem a informação-formação necessárias nos domínios da gestão pública, gestão governamental, gestão ambiental, auditoria pública, direito público e privado e nos vários domínios conexos da educação e das ciências humanas. O novo desafio é a implantação dos cursos de pós-graduação Lato Sensu a distância.

Em pouco tempo, a Unitins adequou-se a formatos, linguagens, estratégias e lógicas para ofertar cursos regulares, para trabalhar com grupos e institutos internacionais focados na pesquisa agropecuária, como também na área de Ciências Humanas e Sociais Aplicadas. Enfim, sua vocação depura-se e a Instituição, sem perder sua base de ensino-pesquisa-extensão, recria-se, reinventa-se e prossegue sua missão de aprender a manejar-se e fazer-se existir nas tecnologias de informática e comunicação.